飛行機輪行については荷物預けになることが他の乗り物との違いで何かと不安がありますが、国内線についてはこれまでの経験では特に問題はありませんでした。免責の書面にサインはさせられますが、目立ったキズがついたり壊れたりといったことはなかったです。
一方、海外の場合は今回だいぶ違っていたので、ご参考までに書いておこうと思います。

①予約時に自転車を預けることを伝える必要？
往路（＝成田）・帰路（＝リスボン）ともに、手荷物カウンターにてサイズ・重量の確認（国内線では無かったタイヤの空気も抜きます）の上、別の場所にある大物荷物受付まで持っていくことになりました。さらに帰路のリスボン空港では「スポーツイクイップメントは有料」とのことで１００ユーロ支払うことになりました。チェックイン済みの搭乗券も改めてチケットオフィスで再発行。
→航空券は旅行会社手配で事前通告はしていなかったので、当日空港にて面倒なことになりました。旅行会社からの案内では、スポーツ用品などの手荷物がある場合は航空会社に要確認と書かれていたので、旅行会社に責任は問えません。

②到着受け取り時、自転車は手渡しではなくベルトコンベアーで出てくる
それも通常の手荷物受け取りの場所ではなく大物は受付時と同様に専用の別の場所のようで、リスボンではてっきりロストバケージかと思いました。しかも何処にも案内が無かったと（と思う）ので、言葉が不自由なのに説明するのが大変でした。成田では偶然ですが通常手荷物用のコンベアーの直ぐ横だったので助かりました。
→初めての場所で何処で受け取れるのか？案内が無ければどうにもしようがない。せめて英語が話せないと、何で困っているかも伝えられない。

③普通に輪行袋に入れただけでは壊れてしまう？
・フォークコラムに固定されているステムが曲がっていました。
・後ホイールが圧迫されたようで一部スポークが「く」の字に曲がっていました。異音はしますが乗れました。
・携帯ポンプの英式バルブ用口金、洗濯ばさみのようなものの下あご部分が折損。
→乱暴に扱われることを前提に保護・養生が必要なようです。キズくらいなら想定内ですが、壊れてしまって乗れなければ持っていく意味が無い。ポンプは上から指で強制的にバルブを押さえつけて、空気を入れることが出来ました。

あと余談ですが、保安検査は国内よりも格段に厳しく、工具なども持っていけるのか疑問です。今回は自転車メインではなく、携帯ポンプだけなのでその辺のことは分かりません。

国内と海外では荷物の扱い方が全然違うみたいですからね
（私の場合国内通販と海外通販の比較ですが＾＾；）

genさん
お帰りなさい。
ところでリスボンへは直行便があるのですか。

私も一度仕事でリスボンに行きましたが、JALで成田からロンドン（ヒースロー）に飛び、ヒースローでポルトガル航空に乗り換えて、リスボンには夜遅く到着しました。
ポルトガルは食べ物特に魚介類が日本人の口に合っておいしかったですね。

Amberさん
私は海外通販は使ったことがありませんが、そんなところまでも違ってますか。

てらさん
直行便はありません。欧州系のエアライン、今回はＫＬＭオランダ航空でアムステルダム乗り換えです。やはり、リスボン到着は深夜１１時ごろ。
写真は帰路途中のアムステルダム（スキポール空港）にて、これから乗る成田行きの飛行機です。

確かに食事は美味しかったです。これがインドネシアだと根本的に味の感覚が違うのか違和感ありあり（笑）

とにかく日本語がまったく無い世界というのは、想像を絶する大変なところでした。

海外の空港での荷物の扱いを見ていると、輪行にはハードケースが必要だと実感しますね～

しかし、ハードケースは着いた後邪魔にあるので、その保管をどうするかが一番の問題。。。

僕はときどき、全く日本語を話さない日がありますが、最近だんだんと難しい日本語を忘れてきました(T T)